Il Museo nasce nel 1984 grazie all’iniziativa del gruppo speleologico locale “Gruppo Naturalistico Bellona”, che fece alcuni interessanti recuperi archeologici nella zona collinare di Montebelluna e raccolse un cospicuo materiale naturalistico e mineralogico, e a cura dell’amministrazione comunale, che stabilì di riunire tutti questi materiali in un museo di Archeologia e Scienze Naturali. La sede fu individuata in Villa Biagi, per la quale era iniziata negli anni ‘70 un’opera di ristrutturazione che tenne conto della destinazione d’uso degli spazi, secondo i dettami della moderna museologia.

Il Museo di Scienze Naturali ed Archeologia di Montebelluna è organizzato in due sezioni:  
a) una sezione naturalistica suddivisa in due sottosezioni: Scienze della Terra (5 sale) e Scienze della Vita (6 sale).  
b) una sezione archeologica suddivisa in due sottosezioni: preistoria-protostoria (Veneti Antichi) ed epoca romana.
c) una sezione staccata a Schievenin di Quero (BL).